Hola, @PedroGS
Lo que comentas es un tanto extraño. Mira que he tenido proyectos con una decena de pistas de audio y no he tenido problemas. Lo único que se me ocurre es que tengas esas pistas enrutadas mediante algún bus que aplique ese efecto. Asegúrate también de que no tienes efectos aplicados en la pista, haciendo clic en la cabecera de la pista y yendo al Inspector. Por último, un truco que nunca falla es crear una nueva línea de tiempo, copiar absolutamente todo lo que tengas en la línea actual y pegarlo en esa nueva línea. Si ahora todo va bien es posible que "algo" estuviera alterando el comportamiento de las otras pistas.
Otra solución que se me ocurre, si lo anterior no te sirve, es que recodifiques los archivos de audio a un formato con poca compresión, como wav u otro compatible con el programa (los tienes todos aquí). Puedes usar para esto Audacity.
Espero que te sea de ayuda. 😉